La trama se complica. Metal Gear Solid Siempre ha sido una serie cargada de conspiración, y parece que la conspiración se ha desangrado en el mundo real. Como si la misteriosa ruptura entre Konami y Hideo Kojima no fuera suficiente, parece que Metal Gear Solid V Tiene otra capa de misterio enterrada dentro de su código. Algunos jugadores han pasado por este código y han descubierto un viejo juego de PC de los 80.
El juego se llama El caso de asesinato en serie Portopia, lo que Kojima ha dicho fue una de las razones por las que quería trabajar en juegos. Los jugadores han intentado obsesivamente que el juego completo funcione compilando los bits de código que están ocultos en Ceros de tierra y El dolor del fantasma, y parece que esta obsesión ha dado sus frutos, a pesar de que el juego es en japonés. Los jugadores están buscando algún significado en esto. Hideo Kojima no lo habría hecho por nada. Los jugadores saben que debe haber algún significado oculto detrás de ellos, y están decididos a descubrir qué es eso.